BC1439 – Introdução à bioinformática

Universidade Federal do ABC
Rua Santa Adélia, 166 - Bairro Bangu - Santo André - SP - Brasil
CEP 09.210-170 - Telefone/Fax: +55 11 4996-3166
1. CÓDIGO E NOME DA DISCIPLINA
BC1439 - INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA
2. DISCIPLINA REQUISITO (RECOMENDAÇÃO)
3. INDICAÇÃO DE CONJUNTO (BCC)
Opção Limitada
4. CURSO
5. CRÉDITOS
BACHARELADO EM CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO T P I: 3-1-4
6. QUADRIMESTRE IDEAL
7. NÍVEL
Graduação
8. Nº. MÁXIMO DE ALUNOS POR TURMA
TEORIA: 60
LABORATÓRIO: 30
9. OBJETIVOS
Oferecer uma visão geral sobre diversos problemas e aplicações existentes em Bioinformática, de
forma a capacitar o aluno a compreender e utilizar adequadamente ferramentas existentes e
desenvolver suas próprias soluções.
10. COMPETÊNCIAS
A disciplina irá fornecer uma introdução à Bioinformática, seus principais problemas e ferramentas
disponíveis. Ao término da disciplina, o aluno deverá ser capaz de compreender e aplicar
ferramentas da área de Bioinformática para solução de problemas; utilizar banco de dados
protéicos e genéticos e desenvolver aplicações para os mesmos e colaborar no desenvolvimento
de ferramentas para a biologia computacional.
11. PROGRAMA RESUMIDO (EMENTA)
Conceitos basicos de Biologia Molecular; Bancos de Dados Geneticos e Proteicos; Alinhamento de
Sequencias; Sequenciamento de DNA; Filogenia; Modelagem por Homologia; Redes de regulação
gênica.
12. PROGRAMA
1- Conceitos Básicos de Biologia Molecular
- Estrutura e função de DNA e RNA
- Estrutura e função de Proteínas
- Dogma Central da Biologia Molecular
2- Banco de Dados Genéticos – GENBANK
- Estrutura
- Aplicações
3- Banco de Dados de Proteínas
- Banco de dados de seqüência primária – SWISSPROT e outros
- Banco de dados de estrutura secundária
- Banco de dados de estrutura terciária – PDB
4- Alinhamento de seqüências
- Comparação de duas seqüências
- Comparação de múltiplas seqüências
- Ferramentas
- Aplicações
5- Seqüenciamento de DNA e Montagem de Fragmentos
- Modelos
- Algoritmos
- Heurísticas
- Ferramentas
6- Filogenia
- Árvores filogenéticas
- Algoritmos
- Parsimonia e compatibilidade entre filogenias
7- Modelagem por Homologia
- Conceitos básicos
- Principais ferramentas
- BLAST
- FAST
8-Redes de Regulação Gênica
- Conceitos básicos
- Algoritmos de inferência
- Análise de suas dinâmicas
13. MÉTODOS UTILIZADOS
A teoria e os métodos da disciplina são apresentados através de aulas expositivas, intercaladas
com aulas de exercícios.
14. ATIVIDADES DISCENTES
Participação nas aulas teóricas, realização de exercícios e trabalhos extra-classe (em grupo ou
individual), pesquisa bibliográfica, seminários e debates, atividades de avaliação propostas.
15. CARGA HORÁRIA
AULAS TEÓRICAS: 36 horas
AULAS PRÁTICAS: 12 horas
TOTAL: 48 horas
RECOMENDADO PARA DEDICAÇÃO INDIVIDUAL: 4 horas semanais
16. CRITÉRIOS DE AVALIAÇÃO DE APRENDIZAGEM
Média ponderada de provas, trabalhos e exercícios.
17. NORMAS DE RECUPERAÇÃO (CRITÉRIOS DE APROVAÇÃO E ÉPOCAS DE REALIZAÇÃO
DAS PROVAS OU TRABALHOS)
As notas serão dadas por conceito, conforme estabelecido pelas normas internas da UFABC.
Alunos que não atingiram um nível de aprendizado adequado, e sem reprovação por presença,
poderão fazer uma prova de exame para mais uma oportunidade de avaliação. A prova de exame
será realizada após as provas normais, no final do trimestre.
18. BIBLIOGRAFIA RECOMENDADA
BIBLIOGRAFIA BÁSICA:
1. LESK, Arthur M.. Introdução à Bioinformática. 2 ed. Porto Alegre: Artmed, 2008. 384 p. ISBN
9788536311043.
2. BERG, Jeremy M.; TYMOCZKO, John L.; STRYER, Lubert. Bioquímica. 6.ed. Rio de
Janeiro: Guanabara Koogan, 2008. 1114 p. ISBN 9788527713696.
BIBLIOGRAFIA COMPLEMENTAR:
1. BERGERON, Bryan. Bioinformatics computing. New Jersey: Prentice Hall, c2003. v. 419.
341 p. ISBN 9780131008250.
2. HUNTER, Lawrence. Artificial intelligence and molecular biology. Menlo Park, CA: AAAI
Press, c2003. x, 470 p. ISBN 0262581159.
3. STRYER, Lubert. Bioquímica. 3.ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, c1992. 881 p. Inclui
bibliografia e indice.. ISBN 852770224X.
19. PLANO SUGERIDO PARA AS AULAS (em semanas letivas)
Semana 1 - Conceitos Básicos de Biologia Molecular
Semana 2 - Banco de Dados Genéticos – GENBANK
Semana 3 - Banco de Dados de Proteínas
Semanas 4 e 5 - Alinhamento de seqüências
Semana 6 - Seqüenciamento de DNA
Semanas 7 e 8 - Montagem de Fragmentos
Semana 9 - Filogenia
Semana 10 - Modelagem por Homologia
Semanas 11 e 12 - Redes de Regulação Gênica
20. PROFESSOR(A) RESPONSÁVEL
David Corrêa Martins Júnior