RPT01H - Plataforma Genômica_Felipe Naveca

Felipe Gomes Naveca, D.Sc Pesquisador Responsável Equipe Felipe Gomes Naveca, D.Sc Pesquisador Responsável Victor Costa de Souza Bolsista Tecnologista George Allan Villarouco da Silva Bolsista Tecnologista Infraestrutura Principal Sequenciador de Ácidos Nucléicos -­‐ ABI3130 -­‐ Sequenciamento automá>co de ácidos nucléicos por eletroforese capilar. Infraestrutura Principal -­‐ Na caixa Sequenciador de Ácidos Nucléicos -­‐PGM-­‐ Sequenciamento automá>co de ácidos nucléicos por semicondutores. Infraestrutura Suporte Centrifuga Refrigerada de microplacas 5810R (Eppendorf) Termociclador Mastercycler (Eppendorf) Termociclador Veri> (Applied Biosystems) Vortex Mixer para microplaca (Labnet) DNA Worksta>on (Loccus Biotecnologia) Mini Plate Spinner MPS 1000 (Labnet;) Projetos em colaboração UFAM/FIOCRUZ ESTUDO DA INCIDÊNCIA E DIVERSIDADE GENÉTICA DE CANDIDA CAUSADORAS DE CANDIDEMIA EM PESSOAS INTERNADAS EM UNIDADES HOSPITALARES DE MANAUS -­‐ AMAZONAS FMT CARACTERIZAÇAO GENÉTICA DE TRYPANOSOMA CRUZI EM PACIENTES COM DOENÇA DE CHAGAS CRÔNICA, NO ESTADO DO AMAZONAS, BRASIL UFMG ANÁLISE MOLECULAR DOS GENES QUE CODIFICAM AS PROTEÍNAS VP4, VP6, VP7, NSP4 e NSP5 DE ROTAVÍRUS DO GRUPO A, DETECTADOS NA REGIÃO DO TRIÂNGULO MINEIRO – MG. UFAM/INPA AVALIAÇÃO DA INFLUÊNCIA DOS POLIMORFISMOS DOS GENES TLR SOBRE O PERFIL DA RESPOSTA IMUNE NOS PACIENTES COM TB PULMONAR. UFAM/FIOCRUZ MICROEVOLUÇÃO IN VITRO DO VÍRUS DENGUE, SOROTIPO-­‐4 E ESTUDO DE VARIAÇÕES GENÉTICAS ASSOCIADAS AO AUMENTO DA COMPETÊNCIA VIRAL . INPA POLIMORFISMOS GENÉTICOS E ASSOCIAÇÃO COM PRODUÇÃO DE INTERFERON GAMA EM PACIENTES COM TUBERCULOSE PULMONAR Projetos em colaboração UFAM DETECÇÃO DE ARBOVÍRUS EM FLEBOTOMÍNEOS NA AMAZÔNIA CENTRAL Reserva Adolpho Ducke, Manaus, AM UNESP Micobactérias e outras bactérias resistentes a an>bió>cos em água mineral. UFAM Caracterização epidemiológica , virológica e imunológica de pacientes infectados pelo HCV. FMT Dengue e outras arboviroses como causa de infecção no sistema nervoso central em Manaus. FUAM Avalição de polimorfismos gené>cos na região promotora do TNF alpha em pacientes com Hanseníase INPA Avalição de polimorfismos gené>cos na região promotora do TNF alpha em pacientes com Tuberculose Plataforma Tecnológica Serviços Atuais ü  Recebimento de reações de sequenciamento prontas para eletroforese capilar; ü  Reações de sequenciamento a par>r de produtos de PCR; ü  Reações de sequenciamento a par>r de Plasmídeos purificados; ü  Assessoria para a reações de sequenciamento, disponibilizando POP para o desenvolvimento desta; ü  Assessoria para a realização de purificação das reações de sequenciamento, disponibilizando POP para o desenvolvimento desta; Plataforma Tecnológica Serviços Atuais ü  Recebimento de reações de sequenciamento prontas para sequenciamento por semicondutores; ü  Reações de sequenciamento a par>r de produtos de PCR de genomas inteiros; ü  Reações de sequenciamento com maior cobertura e confiabilidade; ü  Assessoria para a realização de reações de sequenciamento por semicondutores, disponibilizando POP para o desenvolvimento desta; ü  Treinamento para uso de sequenciadores de nova geração; Plataforma Tecnológica Número de Usuários Internos: Felipe Naveca; Cláudia Rios; Felipe Pessoa; Sérgio Luz; Ani Matsuura; Patrícia Nogueira; Paulo Nogueira; Valdinete Nascimento, George Silva, Ta>ana Pires, Victor Souza, André Mariúba, Thaís Sobanski, Brenda Karoline. Externos: Luiz Fernando Passos (Universidade Federal do Amazonas -­‐ UFAM), Antônio Boechat (Universidade Federal do Amazonas -­‐ UFAM), Micheli Bastos (Fundação de Medicina Tropical Doutor Heitor Vieira Dourado -­‐ FMT-­‐HVD), André Leturiondo ( Fundação de Dermatologia e Venereologia "Alfredo da Mawa" -­‐ FUAM), Pablo Oscar ( Universidade Federal de Roraima -­‐ UFRR). Dezenove outros usuários de quatro ins>tuições que realizam pesquisa no estado do Amazonas Plataforma Tecnológica Serviços Prestados •  Principal sequenciador -­‐ ABI 3130, concedido ao ILMD por outra ins>tuição do Amazonas. •  Após 54 Semanas de instalação do ABI 3130 na unidade: •  Foram cobertas mais de 12000 sequencias senso e an>-­‐senso de QV aceitável •  Sequenciamento Ultra rápido de produtos até 300 pb com Protocolo de Análise adaptado. •  Sequenciamento Ultra rápido de produtos até 700 pb com Protocolo de Análise adaptado. •  Redução dos custos por reação, com o>mização dos procedimentos de reação •  Finalizando doze meses com uma média de 3 placas por semana. A>vidades de formação PPG ü  Cursos anuais de filogenia com ênfase em Vírus Tropicais; ü  Disciplinas de Bioinformá>ca em Manaus e Boa Vista; ü  Palestras de Sequenciamento Capilar em seminários; ü  Palestras de Bioinformá>ca em seminários; Programas Cobertos: ü  Imunologia Básica e Aplicada -­‐ UFAM ü  Ciências da Saúde -­‐ UFAM ü  Saúde, Sociedade e Endemias na Amazônia -­‐ UFAM Áreas de Contribuição ü Atendimento da grande demanda interna ; ü Qualificação de recursos humanos em nível de Doutorado, Mestrado, IC; ü Demanda de unidades da FIOCRUZ, além de parcerias externas à FIOCRUZ no âmbito Amazônico seriam CINCO Ins>tuições: UFAM, HEMOAM, FMT-­‐HVD, FUAM, UFRR e INPA; Áreas com carência de profissionais ü Bioinformá>ca; ü Ciências da Computação Procedimentos Procedimentos Procedimentos Procedimentos Procedimentos Procedimentos Procedimentos Procedimentos Procedimentos Procedimentos Procedimentos