Baixar - Grupo de Pesquisa em Ensino de Química do IQSC

Universidade de São Paulo
Instituto de Química de São Carlos
Manual de Utilização dos Programas Classroom ConQuest
e Mercury
Fábio Batista do Nascimento
Profa. Dra. Salete Linhares Queiroz
São Carlos
2004
Grupo de Pesquisa em Ensino de Química
Índice
1. O Banco de Dados CSD e a sua utilidade para o
ensino-apredizagem de Química
2. Como fazer buscas no Conquest?
2.1. Opção Draw
2.1.1. Barra de ferramentas do Menu Principal da
Opção Draw
2.2. Opção Author/Journal
2.3. Opção Compound Name
2.4. Opção Elements
2.5. Opção Formula
2.6. Opção All Text
2.7. Opção Refcode (entry ID)
3. Como combinar buscas no ConQuest?
4. Como visualizar os resultados das buscas no
ConQuest?
5. Barra de Ferramentas do Menu Principal do
ConQuest
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Índice
6. Como utilizar o Mercury?
6.1. Para que servem os comandos encontrados no
Mercury?
6.2 Barra de Ferramentas do Menu Principal do
Mercury
Grupo de Pesquisa em Ensino de Química
1. O Banco de Dados CSD e a sua utilidade para o ensino-aprendizagem de
Química
O Banco de Dados CSD é mantido pela Universidade de Cambridge e apresenta
o resultado de estruturas moleculares analisadas por difração de raios-X e/ou nêutrons de
compostos contendo elementos do grupo principal, de compostos orgânicos e
organometálicos e de complexos metálicos. É formado por um grupo de programas para
o estudo de estruturas moleculares que trabalham em conjunto com um sistema de busca
chamado ConQuest. Os programas que formam a base de dados são ilustrados na Figura
1.
Figura 1: programas que
formam o Banco de Dados
CSD.
A base de dados utilizada para o ensino de química é diferente da base que é
utilizada na pesquisa científica. O Banco de Dados CSD utilizado na pesquisa científica
contém o resultado de mais de 280.000 estruturas cristalográficas e é atualizado com
cerca de 600 estruturas/mês que são publicadas em 800 revistas científicas. A cada uma
das estruturas armazenadas no Banco encontra-se associado um código de referência
(REFCODE) que permite localizá-la. Por outro lado a sua modalidade destinada ao
ensino, que está disponível nos computadores da sala Pró-aluno do IQSC-USP,
apresenta em torno de 10900 estruturas solucionadas.
Os programas que estarão disponíveis para a utilização dos alunos são o
Classroom ConQuest, programa responsável pela busca de estruturas na base de dados,
e o Mercury, programa que permite a visualização detalhada das mesmas.
A utilização dos programas Classroom ConQuest e Mercury permite aos alunos
de graduação a realização de exercícios variados, inclusive de maneira personalizada,
acompanhada pela visualização e manipulação tanto da estrutura plana quanto da
estrutura em 3D das moléculas. A possibilidade de acesso a dados particulares como
comprimento de ligação e ângulos de ligação pode favorecer o entendimento de vários
assuntos ministrados em disciplinas da área de Química Inorgânica.
Nos tópicos seguintes do Manual você irá aprender a fazer buscas de estruturas
do seu interesse, utilizando o programa Classroom ConQuest, e a manipulá-las,
utilizando o programa Mercury.
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2. Como fazer buscas no ConQuest?
Para fazer buscas no ConQuest você deve construir perguntas (Build Queries)
utilizando uma das opções que constam no lado esquerdo da tela apresentada na Figura
2.
Figura 2: interface do programa ConQuest.
Pode se observar que o programa oferece 11 opções diferentes para montar as
buscas. Considerando que o manual visa o atendimento a alunos da disciplina SQM204Química Inorgânica B, as opções referentes a peptídeo (Peptide), grupo espacial (Space
Group), cela unitária (Unit Cell), densidade Z (Z Density) e experimental
(Experimental) não serão, a princípio utilizadas e, por conseguinte, não se encontram
detalhadas a seguir. Desta forma, você fará a busca de estruturas utilizando as opções:
☻desenho de um fragmento molecular presente na estrutura do composto
(Draw)
☻nome do autor ou do jornal no qual foi publicado a estrutura (Author/Journal)
☻ nome do composto (Compound Name)
☻ elemento (Elements)
☻ fórmula química do composto (Formula)
☻texto (Texto)
☻código de referência (Refcode (entry ID))
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Os tópicos a seguir, 2.1 a 2.7, apresentam detalhes de como utilizar cada uma das
opções acima citadas
2.1. Opção Draw
Para fazer buscas através do desenho de um fragmento ou de uma molécula você
utilizará a opção desenho (Draw). Ao clicar nesta opção a seguinte tela será aberta:
Figura 3: interface da janela Draw.
Você pode observar nesta figura, na parte central, a área para se desenhar, ao
lado esquerdo encontram-se os botões de modo para auxílio no desenho. Você poderá
fazer a construção da sua molécula utilizando as opções:
☻construir anéis (RingMaker) permite construir anéis, do tamanho e com os
tipos de ligações que você desejar. A Figura 4 apresenta a tela que será aberta quando
você clica nesta opção. Caso você queira utilizar um dos quatro tipos de anéis que
encontram-se acima da opção RingMaker, precisa apenas clicar uma vez em cima do
anel e outra vez na área de desenho.
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Figura 4: interface da opção RingMaker.
☻modelos (Templates) esta opção oferece modelos prontos de moléculas,
algumas das quais são comumente utilizadas como ligantes em compostos de
coordenação.
Ao clicar a opção Templates, você será apresentado a dois caminhos de trabalho. O
primeiro deles, View, abrirá a tela que se encontra ilustrada no lado direito da Figura 5.
Tendo escolhido um dos modelos (por exemplo, o Edta), clique na opção Load (na parte
inferior da tela) e este será transportado para a área de desenho.
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Figura 5: interface da janela View, da opção Templates.
O segundo caminho, List, abre uma lista com distintas categorias de moléculas e,
dentro de cada uma destas categorias você poderá escolher aquela que se apresentar mais
conveniente para o seu trabalho. A título de exemplo, encontra-se ilustrado na Figura 6 a
seleção feita para a categoria de ligante contendo átomos de N (N-ligands), sendo o tipo
de molécula escolhida, a fenantrolina (phenanthroline).
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Figura 6: interface da janela List, da opção Templates.
☻C, H, N, S, P, F, Cl estas opções permitem a você transportar os átomos para a
área de desenho com um simples clique em cima de cada um deles (Ver Figura 3).
☻qualquer (Any): esta opção permite que se indique na busca um átomo ou
molécula qualquer indicado pelo símbolo X.
☻mais (More): em analogia à opção Any, oferece símbolos que podem ser
utilizados no desenho para se indicar um átomo genérico. Um clique em cima desta
opção abre uma lista que oferece as seguintes alternativas indicadas a seguir com seu
respectivo símbolo que será utilizado no desenho: não hidrogênio (Not Hydrogen (Z)),
qualquer não-metal (Any Non-metal (NM)), qualquer metal (Any Metal (4M)),
qualquer metal de transição (Any Transition Metal (TR)), qualquer halogênio (Any
Halogen (7A)) e outros elementos (Other Elements). Clicando sobre esta última opção
uma tabela periódica (Figura 7) será apresentada, e com apenas um clique no elemento
desejado você o transporta a área de desenho.
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Figura 7: interface da tabela que é aberta na opção Other Elements.
☻grupos (Groups): Ao clicar na opção Groups, você será apresentado a dois
caminhos de trabalho. O primeiro deles, View, abrirá a tela que se encontra ilustrada no
lado direito da Figura 8. Tendo escolhido um dos modelos aí apresentados, clique na
opção OK ou Apply (na parte de inferior da tela) e em seguida na área de desenho e este
será aí colocado.
Figura 8: interface da janela View, da opção Groups.
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O segundo caminho elenca uma série de grupos (C,H,O only; Silicon; C,H
only; Sulphur; N and C,H or O; Halo; Phosphorus.) que podem ser escolhidos como
modelo. A título de exemplo, encontra-se ilustrado na Figura 9 a seleção feita para a
categoria de ligante contendo átomos de C,H,O somente (C,H,O only), sendo o tipo de
molécula escolhida, a acetyl. Tendo escolhido o modelo desejado, clique em cima da sua
opção e, em seguida, na área de desenho e este será aí colocado.
Figura 9: interface da opção Groups.
☻ligação (Bond): ao clicar na opção Bond, você será apresentado a dois
caminhos de trabalho, conforme ilustra a Figura 10. O primeiro deles, elenca tipos de
ligação (por exemplo, simples (Single); dupla (Double); tripla (Triple); quádrupla
(Quadruple); aromática (Aromatic); polimérica (Polimeric); delocalisada
(Delocalised); π (Pi); qualquer (Any); que podem ser escolhidas para construir a
estrutura desejada. Tendo escolhido o tipo de ligação desejada, clique em cima da sua
opção e, em seguida, na área de desenho.
O segundo caminho indica a opção Variable, que abre a tela menor, à direita,
também ilustrada na Figura 10.
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Figura 10: interface da opção Bond e da janela Variable
Além das opções acima mencionadas, disponíveis para utilização a partir da tela
Draw, verificam-se ainda as opções buscar (Search), armazenar (Store) e cancelar
(Cancel) no lado inferior, à direita da tela (apresentadas nas Figuras 3, 6 e 9 e melhor
visualizadas na Figura 6). Ao clicar na opção Search a tela ilustrada na Figura 11 é
aberta. Uma vez que você não fará uso de nenhuma das opções aí existentes, exceto da
opção Start Search, clique nesta opção para iniciar a busca. O resultado desta busca
será apresentado através da visualização da tela visualização dos resultados (View
Results), que será posteriormente detalhada.
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Figura11: interface da janela aberta a partir da opção Search
Ao clicar na opção armazenar (Store), a tela apresentada na Figura 12 (Build
Queries) será aberta, indicando o armazenamento da pergunta construída.
Figura 12: interface da janela Build Queries com a pergunta armazenada.
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Ao clicar na opção cancelar (Cancel) a tela será cancelada.
2.1.1. Barra de Ferramentas do Menu Principal da Opção Draw
Uma vez que você está construindo sua busca através da opção Draw, as
ferramentas para construção do desenho da estrutura desejada, podem ser encontradas na
barra de menu principal que possui todas as opções que foram descritas anteriormente e
algumas outras. Nesta seção serão apresentadas apenas as opções que ainda não foram
citadas anteriormente e que podem ajudar você na busca por estruturas.
Existe na opção átomos (Atoms) duas ferramentas que podem ajudar a montar
uma busca. A primeira delas é a carga (Charge) e a segunda é número de átomos
ligados (Number of Bonded Atoms). A opção Charge permite a procura por moléculas
positiva ou negativamente carregadas. A Figura 13 apresenta esta opção.
Figura 13: interface da opção Charge.
Após ter clicado na opção de carga desejada a janela apresentada na Figura 14
será aberta pedindo que você selecione o átomo que deseja. Uma vez clicado com o
botão esquerdo do mouse no átomo desejado o mesmo imediatamente será transferido
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para o campo Current Selection, como é o caso do átomo de Rutênio na Figura 14. Em
seguida você deve clicar em Done para que sua opção seja transferida a tela do Draw.
Figura 14: janela para que se indique o
átomo selecionado na opção Charge.
Conforme mencionou-se anteriormente, é número de átomos ligados (Number
of Bonded Atoms) que também se situa na opção Atoms, na barra de ferramentas
principal da janela Draw, e permite que você procure um elemento com um número de
coordenação desejado. A Figura 15 apresenta esta opção.
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Figura 15: interface da opção Number of Bonded Atoms.
Seguindo o mesmo procedimento descrito na opção anterior uma janela
semelhante a da Figura 14 será aberta para que você selecione o número de ligantes
coordenados ao metal previamente especificado. Na Figura 15 temos o exemplo para a
busca de compostos de Ru com número de coordenação 6.
Na barra de ferramentas principal da janela Draw você encontrará também a
opção ajuda (Help) que contém tutoriais sobre tipos de pesquisas por estruturas que
você pode solicitar para auxiliar na suas pesquisas. A Figura 16 apresenta a opção Help.
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Figura 16: interface da opção Help.
2.2. Opção Author/Journal
Para fazer buscas através do nome do autor ou periódico de interesse você deve
clicar na opção autor/jornal (Author/Journal). Ao clicar nesta opção a tela ilustrada na
Figura 17 será aberta.
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Figura 17: interface da janela Author/Journal
Você encontrará duas opções de busca nesta tela; na parte superior você poderá
digitar o nome do autor de interesse (o formato de digitação é indicado) e na parte
inferior poderá digitar o nome da revista de interesse. Uma listagem das revistas
contidas no banco encontra-se disponível. Um clique sobre o nome de uma delas,
transporta-a para o campo nome do jornal (Journal Name). Caso você queira delimitar
a sua pesquisa a um determinado volume, intervalo de páginas ou de tempo, utilize os
campos volume (Volume), página (Page) e ano (Year).
As opções Search, Store e Cancel, também mostradas na tela, desempenham as
mesmas funções descritas na opção Draw. A opção Reset permite a edição de uma nova
busca.
2.3. Opção Compound Name
Para fazer buscas através do nome do composto de interesse você deve clicar na
opção nome do composto (Compound Name). Ao clicar nesta opção a tela ilustrada na
Figura 18 será aberta.
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Figura 18: interface da janela Compound Name.
Você encontrará o campo (Compound Name) para digitar o nome do composto
de interesse. Caso a sua busca tenha por objetivo localizar um composto a partir da
indicação de dois dos seus componentes, você deverá clicar na opção New Box e mais
um campo, idêntico ao já apresentado, estará disponível para a digitação. Por exemplo,
para encontrar compostos de rutênio contendo o ligante piridina, você deve digitar a
palavra ruthenium no primeiro campo e pyridine no segundo campo, conforme ilustra a
Figura 19.
Figura 19: interface da janela Compound Name, utilizando a opção New Box.
As opções Search, Store e Cancel, também mostradas na tela, desempenham as
mesmas funções descritas na opção Draw. A opção Reset permite a edição de uma nova
busca.
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2.4.Opção Elements
Para fazer buscas de compostos através de um ou mais elementos nele contidos
você deve clicar na opção elementos (Elements). Ao clicar nesta opção a tela ilustrada
na Figura 20 será aberta.
Figura 20: interface da janela Elements
Você encontrará duas opções de busca nesta tela, que serão utilizadas na
realização das suas atividades. Na parte superior você poderá digitar o(s) elemento(s) de
interesse no campo Elements Required to be Present. Logo abaixo se encontra a opção
Select from Table que abrirá uma tabela periódica (Figura 21). Um clique sobre
elemento(s) na tabela e um outro clique posterior na opção Done, na parte inferior
direita da Figura 21, transporta-o(s) para o campo anteriormente mencionado.
Observe que se dois ou mais elementos forem especificados, a busca conduzirá a
estruturas que contenham todos os elementos.
As opções Search, Store e Cancel, também mostradas na tela, desempenham as
mesmas funções descritas na opção Draw. A opção Reset permite a edição de uma nova
busca.
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Figura 21: interface da opção Select from Table.
2.5. Opção Formula
Para fazer buscas através da fórmula do composto de interesse você deve clicar
na opção fórmula (Formula). Ao clicar nesta opção a tela ilustrada na Figura 22 será
aberta.
Figura 22: interface da janela Formula
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Você encontrará duas opções de busca nesta tela; na parte superior você poderá
digitar a fórmula de interesse e logo abaixo encontra-se a opção Select from Table que
abrirá uma tabela periódica (Figura 21). Um clique sobre um elemento e um outro clique
posterior na opção Done, na parte inferior direita da Figura 21, transporta-o para o
campo Formula.
As opções Search, Store e Cancel, também mostradas na tela, desempenham as
mesmas funções descritas na opção Draw. A opção Reset permite a edição de uma nova
busca.
2.6. Opção All Text
Para fazer buscas de compostos através de um texto, como por exemplo,
encontrar cristais de uma cor específica ou estruturas cuja sua configuração absoluta foi
determinada pelo método de Raio-X, você deve clicar na opção todo o texto (All Text).
Ao clicar nesta opção a tela ilustrada na Figura 23 será aberta.
Figura 23: interface da janela All Text.
Você encontrará duas opções de busca nesta tela; no lado direito você poderá
digitar o texto de interesse e do lado esquerdo uma listagem com opções de texto
encontra-se disponível. Um clique sobre um deles, transporta-o para o campo de
digitação.
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Caso a sua busca tenha por objetivo localizar um composto a partir da indicação
de duas características, você deverá clicar na opção New Box e mais um campo,
idêntico ao já apresentado, estará disponível para a digitação. Por exemplo, para
encontrar compostos contendo metanol e solvatado, você deve digitar a palavra
methanol no primeiro campo e solvate no segundo campo (Figura 24).
As opções Search, Store e Cancel, também mostradas na tela, desempenham as
mesmas funções descritas na opção Draw. A opção Reset permite a edição de uma nova
busca.
Figura 24: interface da janela All Text, utilizando a opção New Box.
2.7. Opção Refcode (entry ID)
Para fazer buscas através do código de referência do composto de interesse você
deve clicar na opção Refcode (entry ID). Ao clicar nesta opção a tela ilustrada na
Figura 25 será aberta.
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Figura 25: interface da janela Refcode (entry ID).
Você deverá digitar o código de referência do composto de interesse, por exemplo,
BAJFIB e, em seguida, deve clicar na opção Find. Imediatamente é apresentada uma
segunda tela ilustrando o composto correspondente ao código.
3. Como combinar buscas no ConQuest?
Para combinar buscas no ConQuest você, primeiro deve ter ao menos duas
buscas construídas, depois na tela Build Queries marque na opção use esta
pergunta?(use this query?), como demonstrado na Figura 26.
Figura 26: interface da tela Build Queries com as buscas indicadas.
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Uma vez tendo realizado o passo anterior, vá até a tela combina perguntas
(Combine Queries). Clique com o botão esquerdo do mouse e com ele pressionado
sobre a janela Query 1, arraste-a para uma das janelas no lado esquerdo (must have,
must not have, must have at least one of) conforme sua opção de busca, como
indicado na Figura 27.
Figura 27: interface da tela Combine Queries.
Combinações de buscas podem ser utilizadas para encontrar estruturas que
simultaneamente satisfazem duas ou mais condições, por exemplo na Figura 27 será
realizada a busca de estruturas que contêm Porfirina e Rutênio.
A opção Search, também mostrada na tela, desempenha a mesma função descrita
na opção Draw. A opção Reset permite a edição de uma nova busca.
4. Como visualizar os resultados das buscas no ConQuest?
Uma vez que suas buscas foram construídas e executadas pelo ConQuest, os
resultados são mostrados na tela View Results como é mostrado na Figura 28.
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Figura 28: interface da tela View Results.
No lado direito da Figura 28 você observa os códigos de referência das estruturas
que foram encontradas no banco a partir da busca construída. No lado esquerdo da tela
estão as informações que o banco disponibiliza sobre a estrutura encontrada:
☻ Author/Journal: informação bibliográfica.
☻ Chemical: nome do composto, fórmula, cor, ponto de fusão, etc.
☻ Crystal: célula unitária e informação sobre grupo espacial.
☻ Experimental: informação sobre condições experimentais, precisão e
exatidão.
☻ Diagram: diagrama estrutural químico.
☻ 3D Visualiser: mostra a molécula em 3D.
☻ CSD Internals: informações internas do banco.
☻ Search Overview: um resumo da busca construída.
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5. Barra de Ferramentas do Menu Principal do ConQuest
Uma vez tendo feito suas buscas no ConQuest você tem as seguintes opções no
menu principal, na parte superior da tela, que são demonstradas na Figura 29.
Figura 29: interface da janela View Results com a opção File aberta.
Você tem as seguintes opções a sua disposição clicando na opção File no menu
principal na parte superior da tela (vão ser aqui descritas apenas as que interessam na
realização dos trabalhos da disciplina):
☻New Window: abre uma nova janela do ConQuest.
☻Save Search As...: permite que você salve em seu computador uma pesquisa
que tenha feito para que depois retorne no ponto em parou.
☻Write PDF file to view/print: abre um arquivo PDF sobre a pesquisa feita no
ConQuest e as estruturas planas das moléculas encontradas no banco. A Figura 30
apresenta o arquivo montado. Uma vez selecionada esta opção uma janela vai ser aberta
onde você seleciona o formato do arquivo que você deseja montar e em seguida clique
na opção Write para que o arquivo seja criado. Com o arquivo pronto você pode,
utilizando as ferramentas do Acrobat Reader, por exemplo, recortar a figura plana da
molécula de interesse para que utilize em relatórios ou trabalhos, não precisando utilizar
um software de modelagem molecular.
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Figura 30: interface do arquivo PDF.
☻View Entries in Mercury: exporta os compostos encontrados no
ConQuest para o programa Mercury, que será descrito na próxima seção deste manual.
Você ainda encontra na barra de ferramentas principal do ConQuest a opção
Help, no qual além das informações que foram descritas na seção 2.1.1. Barra de
Ferramentas do Menu Principal da Opção Draw se encontra ainda informações sobre
a licença de uso do ConQuest.
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6. Como utilizar o Mercury?
O programa Mercury possibilita o estudo e a visualização em 3 dimensões (3D)
das estruturas encontradas em sua busca no programa ConQuest. O programa Mercury
possibilita:
1. A visualização de estruturas em várias cores e estilos;
2. A observação da existência de ligações do tipo pontes de hidrogênio, além de outros
tipos de interações intermoleculares tanto fortes quanto fracas;
3. A visualização expandida para um fragmento da rede, permitindo assim uma melhor
observação das interações intermoleculares;
4. A visualização do número e da posição das estruturas dentro da cela unitária;
5. A medição de parâmetros geométricos.
Estas funções serão detalhadas nos próximos capítulos deste manual. A Figura 31
apresenta a interface que o programa Mercury.
Figura 31: interface do programa Mercury.
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Quando você exporta os resultados da pesquisa feita no ConQuest para o
programa Mercury, como descrito na seção 2.10 deste manual no caminho View Entries
in Mercury, a tela da Figura 31 é imediatamente aberta.
Como pode ser observado ao lado direito da figura estão os códigos de referência
de todas as estruturas encontradas na sua pesquisa. Ao centro você visualiza a estrutura
selecionada entre as demais. Na parte superior e inferior estão os comandos que podem
ser utilizados para o melhor estudo das estruturas de seu interesse.
6.1. Para que servem os comandos encontrados no Mercury?
Conforme mencionou-se anteriormente o programa Mercury oferece uma série
de facilidades para que você faça um estudo detalhado das estruturas de seu interesse. A
partir de agora vamos detalhar as ferramentas que você poderá utilizar e que foram
mostradas na Figura 31.
☻usando a opção modos de seleção (Picking Mode): clicando nesta opção, as
seguintes possibilidades são oferecidas, conforme ilustra a figura 32, rotular (Label),
medir distância (Measure Distance), medir ângulo (Measure Angle), medir torção
(Measure Torsion) e expandir contatos (Expand Contacts). As opções que serão úteis
para a resolução dos problemas a você apresentados serão discutidas a seguir. Você pode
através da opção rotular (Label) identificar os elementos e sua posição apenas clicando
sobre o mesmo com o botão esquerdo do mouse. Através da opção medir distância
(Measure Distance), você pode medir a distância entre átomos do composto analisado,
clicando com o botão esquerdo do mouse sobre os átomos de interesse para saber a
distância que os dois se encontram. Através da opção medir ângulo (Measure Angle),
você pode medir ângulos entre átomos de seu interesse utilizando o mesmo caminho
descrito anteriormente, mas clicando desta vez em três átomos diferentes. A Figura 32
apresenta a opção Picking Mode. Novamente, levando em conta as atividades que você
desenvolverá, descrevemos as formas de utilização dos seguintes comandos:
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Figura 32: interface da opção Picking Mode.
☻usando a opção limpar medições (Clear Measurements): clicando nesta opção
ilustrada na Figura 32 ao lado da opção Picking Mode, você apaga a medição feita
anteriormente, tanto de comprimento como de ângulo de ligação.
☻usando a opção cor (Colour): clicando nesta opção, as seguintes possibilidades
são oferecidas, por elemento e por simetria equivalente. Apenas o comando por
elemento (by Element) será utilizado por você. Neste caso, selecione os elementos que
deseja mudar de cor clicando sobre eles com o botão esquerdo do mouse. Em seguida
clique na opção Colours e escolha o cor para colorir os átomos selecionados, como
ilustrado na Figura 33.
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Figura 33: exemplo da opção Colour.
☻usando a opção estilo (Style): clicando nesta opção você pode mudar o estilo
com o qual a molécula está apresentada. Você possui as seguintes opções para mudança
de estilo: armação de arame (Wireframe), ilustrada na Figura 34; bastões (Capped
Sticks), ilustrada na Figura 35; bolas e bastões (Ball and Stick), ilustrada na Figura 36 e
espaços ocupados (Spacefill), ilustrada na Figura 37.
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Figura 34: exemplo do estilo Wireframe.
Figura 35: exemplo da opção Capped Sticks
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Figura 36: exemplo da opção Ball and Stick.
Figura 37: exemplo da opção Spacefill.
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☻usando a opção (zoom – zoom +): através desta opção você pode aumentar ou
diminuir o tamanho da estrutura de interesse. A opção zoom – zoom + está ilustrada a
seguir:
☻usando as opções ← → ↓ ↑: através dessas opções você pode movimentar sua
molécula para cima, para baixo ou para os lados. Esta opção está ilustrada a seguir:
☻usando as opções x –90 x +90 y –90 y +90 z –90 z +90: através dessas opções
você pode girar sua molécula em 90 graus no eixo de sua escolha. Esta opção está
ilustrada a seguir:
☻usando as opções x- x+ y- y+ z- z+: através dessas opções você pode girar a
molécula no eixo de sua escolha na forma que desejar. Esta opção está ilustrada a seguir:
☻usando as opções a b c a* b* c*: através dessas opções você pode visualizar
sua estrutura ao longo dos eixos cristalográficos. Esta opção está ilustrada a seguir:
Além das opções apresentadas temos ainda duas caixas de diálogo na parte
inferior da tela do Mercury como pode ser observado na Figura 31, exposição (Display)
e opções (Options), as quais apresentam outras alternativas de trabalho. A caixa de
diálogo Options é detalhada a seguir. O mesmo não ocorre com a caixa de diálogo
Display, uma vez que esta não é relevante para a realização das suas tarefas.
☻ opções (Options): nesta caixa encontra-se três opções. A primeira delas é
mostrar hidrogênios (Show hydrogens) que permite a você selecionar se os hidrogênios
serão ou não ilustrados na estrutura do composto. A segunda, mostrar eixos da cela
(Show cell axes) permite a você selecionar os eixos de uma cela unitária. A última,
rotular átomos (Label atoms) permite a você selecionar todos os átomos do composto e
rotulá-los.
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6.2. Barra de Ferramentas do Menu Principal do Mercury
A barra de menu principal do Mercury contêm todas as opções que foram
descritas anteriormente que também podem ser acessadas apenas com um clique no
botão direito do mouse sobre a tela do Mercury. Ademais você pode ainda usar as
opções da barra de ferramentas para salvar uma busca clicando em File e depois Save
as... para depois retornar no lugar onde parou. Por fim existe ainda a opção Help,
ilustrada na figura 38, que apresenta tutoriais e informações sobre a utilização do
Mercury.
Figura 38: opção Help.
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