Typage CRISPR Mycobacterium tuberculosis complex
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Typage CRISPR Mycobacterium tuberculosis complex
Genotipagem por CRISPR Mycobacterium tuberculosis Salmonella enterica serovar typhimurium Os lócus CRISPR (Clustured Regularly Interspersed Short Palindromic Repeats) são marcadores genéticos que permitem a identificação e a genotipagem de numerosas bactérias patogênicas. A equipe coordenada por J.Van Embden nos (Países-Baixos) desenvolveu a metodologia baseada « direct repeat locus » para o Mycobacterium tuberculosis (MTB), (1). Essa técnica foi inicialmente chamada de « spoligotyping ou tipagem molecular por Spoligo » (2). Os locus CRISPR estão presentes em cerca 100% das Archaea e 60% das bactérias. Constituídos de partes fixas (repetições) e de partes variáveis (espaçadores), eles desempenham papéis fisiológicos ainda pouco caracterizados, principalmente na defesa anti-fágicas ou anti-plasmídicas. A caracterização molecular permite uma classificação taxonômica precisa, infra- específica e bio-geográfica de isolados clínicos para estudos de epidemiologia molecular ou de estudos populacionais. O formato numérico obtido (43 ou 68 Plex para MTB, 72 Plex para Salmonella enterica serovar typhimurium é adaptado para comparações intra e inter-laboratórios (3). Vantagens o o o o o o o o Confiável, Reprodutível, Rentável Barato, Robusto, Prático Rápido, Método Automatizado Gestão informatizada dos resultados Resultados numéricos, bases de dados Formação sob nossa responsabilidade Plataforma aberta (criação de novos métodos) Adaptável à detecção de SNP Aplicações, Referências TB-SPOL» (Spoligotyping Mycobacterium tuberculosis complex (ref. BMX-TB-G43 Plex, ref. BMX-TB-G68 Plex) o « STM-CRISPOL » Salmonella enterica ser. Typhimurium Extração de DNA (a partir de amostras ou da cultura) Amplificação pela PCR dos locus CRISPR Locus CRISPR génomas o « Hibridização sobre microesferas: detecção (ref. BMX-SE-G72 Plex) o « TB-SPRINT» (Spoligo-rif-inh-typing for MDR-TB) (ref. BMX-TB-G59 Plex) 1. 2. 3. Kamerbeek J, et al. (1997) Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology. J Clin Microbiol 35: 907-914. Gomgnimbou M, et al. (2013) Tuberculosis-Spoligo-RifampinIsoniazid Typing”; an All-in-One assay technique for surveillance and control of multi-drug resistant tuberculosis on Luminex® devices.. J. Clin. Microbiol, 51,11, 3527-3534 Fabre L, et al. (2012) CRISPR typing and subtyping for improved laboratory surveillance of Salmonella infectionsPloS One. 2012; 7,5,e36995 Institut de Génétique et Microbiologie Campus d’Orsay F-91405 Orsay-Cedex Tel : +33 (0) 1 69 15 46 48 Fax : +33 (0) 1 69 15 72 96 www.igmors.u-psud.fr Magpix Resultado numérico ou Luminex 200 Tabulação informatizada dos dados
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