Regras para a utilização dos serviços de sequenciação

Regras para a utilização dos serviços de sequenciação/genotipagem de DNA
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Manutenção
É da responsabilidade exclusiva do técnico (no caso de ausência do técnico, será
nomeada uma pessoa competente para o substituir):
1. A lavagem do aparelho e peças constituintes;
2. A remoção/instalação de qualquer tipo de peça do aparelho;
3. A substituição/manuseamento de qualquer tipo de composto químico (polímero,
tampão, água);
4. Encomendar todo e qualquer tipo de material de substituição de peças do sequenciador
bem como os reagentes por ele requeridos.
Sequenciação automática/genotipagem de amostras de DNA
Todas as amostras para sequenciação automática devem ser entregues ao técnico, com
formamida ou formamida+SizeStandard, caso se trate de sequenciação ou genotipagem,
respectivamente (volume mínimo total de 12ul). Poderão ser entregues em tubos eppendorf,
tubos de PCR ou placa compatível com os sequenciadores existentes (a última opção carece
de confirmação prévia por parte do técnico).
Sempre que a entrega exceda 8 amostras, terá que ser criada a respectiva lista ordenada
com os nomes das mesmas em formato Excel; a lista deverá também especificar o módulo a
aplicar (sequenciação 300bp, 500bp, 700bp ou genotipagem G5, E5, D, etc.).
O nome de cada amostra será no formato username do IPATIMUP_nome da amostra.
Não poderão usar espaços e os caracteres permitidos são: . - _ [ ] # +. O ficheiro Excel deverá
ser guardado na pasta SequencingService existente na network IPATIMUP e o nome do
ficheiro terá que conter o username e a data marcada para a corrida das amostras.
É da responsabilidade do técnico1:
1. Colocar todas as amostras na placa (a qual não será reutilizada);
2. Criar a sample sheet no computador associado ao sequenciador;
3. Colocar ou remover as placas de sequenciação do sequenciador;
4. Iniciar ou parar a sequenciação de DNA.
1
Um número reduzido de pessoas competentes devidamente nomeadas e possuidoras de amostras prioritárias
(por exemplo, realização de diagnósticos) poderá efectuar estas tarefas para além do técnico, só e unicamente
nestas situações especiais.
Agendamento para sequenciação/fragmentos de DNA
É da responsabilidade exclusiva do técnico:
1. Agendar a corrida de sequenciação/genotipagem de DNA do proprietário das
amostras;
2. Comunicar ao proprietário das amostras qualquer atraso ou alteração do dia/hora..
É da responsabilidade do proprietário das amostras:
1. Agendar as suas amostras antecipadamente num período MÁXIMO de UMA
SEMANA;
2. Comunicar ao técnico qualquer alteração do dia/hora da sequenciação/genotipagem
das suas amostras de DNA. Esta comunicação deverá ser feita NO MÍNIMO 24
HORAS antes do dia previamente marcado. Caso a desmarcação não seja efectuada
neste período mínimo, poderão ocorrer duas situações:
a. O proprietário das amostras consegue arranjar amostras substitutas;
b. O proprietário não consegue arranjar amostras substitutas. Neste caso, as
amostras previamente marcadas serão contabilizadas como se tivessem sido
corridas.
3. Respeitar os horários previstos para o início da corrida sendo que:
a. Todas as amostras deverão ser entregues ao técnico até às 16h30m do dia
agendado para a corrida das mesmas.
b. As amostras serão postas a processar todos os dias excepto (Sábados e
Domingos) ao final do dia.
Análise pós-corrida das amostras
É da responsabilidade do proprietário das amostras, a análise das mesmas pós-corrida.
Última revisão 11.Maio.2012