AULA PRÁTICA I - IDENTIFICAÇÃO E SELEÇÃO DE ALVOS

| 1 AULA PRÁTICA I - IDENTIFICAÇÃO E SELEÇÃO DE ALVOS
TERAPÊUTICOS
Objetivo:
Possibilitar o
discente
a
familiarizar-se
com o
banco de
estruturas
macromoleculares, Protein Data Bank (PDB) e suas principais ferramentas.
Passo 01: Acesse o link: http://www.rcsb.org/;
Passo 02: Clicar em Advanced search, depois clique em macromolecule (Figura 01).
Figura 01: Interface principal do PDB.
Passo 03: Nessa interface clicar na seção Chemical components > has ligand (Figura
02);
Figura 02: Interface de busca avançada do PDB.
Passo 04: Clicar no símbolo “+” no ícone
> clicar na seção
Experimental Method > X-RAY;
Passo 05: Clicar no símbolo >
> Molecule Name Search for.
Adicionar critério de busca. Ex: ciclooxigenase
Passo 06: Clicar no ícone
para gerar o resultado;
| 2 Passo 07: Com base nos resultados, clicar no item sort no lado direito da página e
selecionar Resolution, conforme figura abaixo:
Figura 3: Interface de resultado de busca do PDB.
Passo 08: Selecione a estrutura e no item Experimental Details no lado direito da
tela, coletar as seguintes informações -> Resolution e R-value ( Figura 04).
Figura 04: Interface de resultados de busca PDB (lado direito da tela).
Passo
09:
Por
fim,
crie
uma
pasta
na
unidade
c:\,
nomeie
(sugestão:
ciclooxigenase_nome) e salve as 5 estruturas nesta pasta clicando no item Download
Files > PDB File (Text), (Figura 05).
| 3 Figura 05: Interface PDB mostrando ícone do lado direito (Display Files).
Anotações _______________________________________________________________________________________________________
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AULA PRÁTICA II
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Sugestões de aprendizagem:
1. Preencha uma tabela com as 5 melhores estruturas com base no fator de
resolução e o valor – R .