2009/2010 :: ModSim Avaliação duma Ferramenta de Simulação de

Transcrição

Mestrado em MNT :: 2009/2010 :: ModSim
Avaliação duma Ferramenta de Simulação de Dinâmica Molecular
Simuladores em análise
1. NAMD:
www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
2. XMD:
xmd.sourceforge.net
3. GROMACS:
www.gromacs.org
O que é pedido fazer/responder
1. Qual o tipo de materiais suportados, tipo de potenciais interatómicos disponíveis?
2. Em que tipo de plataformas computacionais corre (Windows, linux, MAC, ...)?
3. É possível/fácil adicionar novos potenciais interatómicos?
4. Fazer um resumo das funcionalidades.
5. Que os tipos de ficheiro de entrada/saída aceita/gera?
6. Existe versão paralela do simulador?
7. Para que ferramentas de visualização exporta os resultados da simulação? Ou então, possui
facilidade de visualização?
8. Suporta precisão simples, dupla, ambas?
9. Fazer uma demonstração (se possível) com um exemplo que venha incluído na ferramenta.
Utilização do cluster SEARCH para analisar os simuladores
1. Informação sobre o acesso ao Search: http://www.di.uminho.pt/search/use.htm
2. Endereço do Search: search1.di.uminho.pt (login e password a fornecer na aula)
3. Um exemplo das ferramentas necessárias para acesso a partir do Windows:

PuTTY, para acesso remoto ao Search por SSH;

WinSCP, para transferência de ficheiros entre o Search (Linux) e o sistema local
(windows);

Xming, gestor de janelas para o caso de ser necessário executar programas em modo
gráfico no Search.
4. Simuladores instalados no Search:

NAMD: disponível em /opt/lib/namd2

GROMACS: 4 versões do mdrun em /opt/lib/gromacs/gromacs-4.0.5/Bin

XMD: pode ser instalado na pasta pessoal do grupo (ficheiro “.tar.gz” disponível).