Completo

CARACTERIZAÇÃO DE REGIÕES MICROSSATÉLITES NO GENOMA
DE Eugenia dysenterica DC. UTILIZANDO A ABORDAGEM NGS
Stela Barros Ribeiro1; Rhewter Nunes1; Ivone de Bem Oliveira1; Isabela Pavanelli de Souza1;
Thannya Nascimento Soares2; Mariana Pires de Campos Telles2; Evandro Novaes3; Alexandre
Siqueira Guedes Coelho3
1
Estudante do Programa de Pós-Graduação em Genética e Melhoramento de Plantas UFG/Goiânia-GO/Brasil. Bolsista CAPES - email: [email protected], 2Professora
da Universidade Federal de Goiás - Instituto de Ciências Biológicas - UFG/Goiânia-GO/Brasil,
3
Professor da Universidade Federal de Goiás - Escola de Agronomia - UFG/Goiânia-GO/Brasil.
A cagaiteira (Eugenia dysenterica DC.) é uma espécie nativa do Cerrado com potencial de
utilização de seus frutos, folhas e madeira. Os frutos podem ser consumidos in natura ou
processados e sua madeira e folhas possuem propriedades medicinais. A espécie também possui
valor ornamental devido à sua beleza, realçada principalmente na época de florescimento.
Apesar de estudos genéticos com o uso de marcadores moleculares estarem sendo desenvolvidos
para a espécie, as informações obtidas podem ser complementadas, possibilitando a ampliação
do conhecimento da estrutura do genoma da cagaiteira. Esse estudo teve como objetivos
amostrar o genoma de E. dysenterica sob a forma de um draft assembly e a partir dele,
caracterizar regiões microssatélites e desenvolver marcadores genéticos que não estejam em
contexto de elementos transponíveis (TEs), buscando assim minimizar a ocorrência de alelos
nulos durante a genotipagem. A extração do DNA foi realizada de acordo com o protocolo
CTAB 2%, utilizando amostras de tecido foliar provenientes de cinco indivíduos da coleção de
germoplasma da Universidade Federal de Goiás. A montagem das bibliotecas de DNA, bem
como, a preparação das amostras para o sequenciamento, foram realizadas em uma única etapa,
por meio do Nextera® DNA Sample Preparation Kit (Illumina). O sequenciamento foi realizado
com da plataforma MiSeq (Illumina) e as sequências obtidas foram submetidas à visualização e
controle de qualidade com os softwares FastQC e Trimmomatic. Após o processamento dos
dados, o draft assembly foi obtido com o software MaSuRCa, que forneceu 202.589 contigs, dos
quais 52.430 continham mais de 1 kb e 21 continham mais de 10 kb, totalizando a recuperação
de aproximadamente 28% do genoma (valor estimado). O draft assembly foi submetido à busca e
caracterização de regiões microssatélites por meio do software QDD, utilizando como principal
parâmetro de busca o mínimo de 10 repetições de cada motivo. Foram identificadas 57.823
regiões microssatélites, das quais 48.550 de mononucleotídeos, 9.010 de dinucleotídeos, 258 de
trinucleotídeos e cinco de tetranucleotídeos. A partir das regiões identificadas foram desenhados
106.809 primers dos quais 15.846 foram descartados por estarem inseridos em elementos
transponíveis. Ao serem avaliados quanto às características necessárias à sua utilização como
marcadores genético-moleculares, os primers livres de TEs poderão ser aplicados a estudos de
genética de populações para essa espécie, complementando as informações obtidas com estudos
anteriores. Os resultados obtidos mostram que a abordagem utilizada foi eficiente na
identificação e caracterização de regiões microssatélites para E. dysenterica. Além disso, estes
resultados retratam o potencial do sequenciamento de nova geração (NGS) associado à
ferramentas de bioinformática na geração de informações para espécies com o genoma pouco
conhecido.
Palavras-chave: Cagaiteira; Cerrado; draft assembly;
Apoio financeiro: CAPES e GENPAC-02 e 03 CNPq/FAPEG/PRO-CENTRO-OESTE
(563839/2010-4; 564145/2010-6 e 201110267000125).