Tutorial tRNAscan-SE e RNAmmer

TRNAscan-SE
Servidor Web: http://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/
Lowe, T.M. & Eddy, S.R. (1997). tRNAscan-SE: a program for improved detection of
transfer RNA genes in genomic sequence. Nucleic Acids Research 25: 955-964.
Usage: tRNAscan-SE [-options] <FASTA file(s)>
Scan a sequence file for tRNAs using tRNAscan, EufindtRNA &
tRNA covariance models
-- defaults to use with eukaryotic sequences
(use -B, -A, -O or -G to scan other types of sequences)
Basic Options
-B or -P
: search for bacterial tRNAs (use bacterial tRNA model)
-A
: search for archaeal tRNAs (use archaeal tRNA model)
-O
: search for organellar (mitochondrial/chloroplast) tRNAs
-G
: use general tRNA model (cytoplasmic tRNAs from all 3
domains included)
-C
slow)
: search using Cove analysis only (max sensitivity, very
-o <file>
-f <file>
-a
-q
: save final results in <file>
: save tRNA secondary structures to <file>
: output results in ACeDB output format instead of default
tabular format
: save statistics summary for run in <file>
(speed, # tRNAs found in each part of search, etc)
: show both primary and secondary structure components to
covariance model bit scores
: quiet mode (credits & run option selections suppressed)
-h
: print full list (long) of available options
-m <file>
-H
Roteiro de aula
1. Vá para o seu diretório e entre no subdiretório tRNA-rRNA
2. Digite o comando abaixo:
tRNAscan-SE -G -o saida_tRNA_G.txt T_gondii_plastid.fasta
Este comando irá invocar o programa tRNAscan-SE, usando o arquivo FASTA
T_gondii_plastid.fasta, com um modelo geral de tRNAs. Os resultados serão salvos no
arquivo saida_tRNA_G.txt. Esse arquivo contém o genoma do apicoplasto de Toxoplasma
gondii.
Segue abaixo um esquema do genoma dessa organela, obtido a partir da página
http://roos.bio.upenn.edu/~rooslab/jkissing/toxomap.html.
2. Compare o mapa de genes de tRNA de plastídeo de Toxoplasma gondii com os
genes de tRNA preditos pelo programa tRNAscan-SE.
3. Caso queira, tente fazer a mesma análise utilizando agora o servidor web do
tRNAscan-SE localizado no endereço http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/
4. Utilize o modo tRNAscan only no Search Mode e a opção Mixed (general tRNA
model) em Source. Escolha a opção Submit a File e faça o upload do arquivo
T_gondii_plastid.fasta. Clique no botão Run tRNAscan-SE.
5. Caso queira visualizar a estrutura secundária do tRNA, clique no respectivo botão
View tRNA.
RNAmmer
Servidor Web: http://www.cbs.dtu.dk/services/RNAmmer/
Lagesen K, Hallin P, Rødland EA, Staerfeldt HH, Rognes T, Ussery DW. (2007).
RNAmmer: consistent and rapid annotation of ribosomal RNA genes. Nucleic Acids
Research 35(9): 573-580.
Comando:
rnammer [-S kingdom] [-m molecules] [-xml xml-file] [-gff gff-file] [-d]
[-p] [-h hmmreport] [-f fasta-file] [sequence]
ou
rnammer [-S kingdom] [-m molecules] [-xml xml-file] [-gff gff-file] [-d]
[-p] [-h hmmreport] [-f fasta-file] < [sequence]
Parâmetros:
-S - Specifies the super kingdom of the input sequence. Can be either
’arc’, ’bac’, or ’euk’.
-gff - output gff file. Specifies filename for output in GFF version 2
output
-multi - Runs all molecules and both strands in parallel
-f fasta - Specifies filename for output fasta file of predicted rRNA
genes
-h hmmreport - Specifies filename for output HMM report.
-m - Molecule type can be ’tsu’ for 5/8s rRNA, ’ssu’ for 16/18s rRNA,
’lsu’ for 23/28s rRNA or any combination seperated by comma.
[sequence] - The input file to process.
Roteiro de aula
1. Digite o comando abaixo:
rnammer -S bac -m lsu,ssu,tsu -gff saida_gff -f saida_fasta E_coli.fasta
Este comando irá invocar o programa rnammer, usando o arquivo FASTA
E_coli.fasta, com um modelo de rRNAs de bactérias. Os resultados serão salvos em
formato GFF2 no arquivo saida_gff. O arquivo de resultaods saida_fasta conterá as
sequências nucleotídicas dos genes de rRNA em formato FASTA.
2. Quando o programa finalizar a tarefa, rode o programa Artemis (comando
art&).
3. Abra o arquivo FASTA E_coli.fasta e depois abra o arquivo GFF2 com o
comando File Read An Entry do menu.
4. Inspecione os genes encontrados e sua localização no genoma de E. coli.
5. Abra o arquivo de anotação de E. coli localizado em sua pasta (arquivo
E_coli.gb).
6. Compare a anotação do RNAmmer com a anotação oficial.