Pratica 1- PDB Chimera

Metabolismo e Regulação
Prática 1 –
Pesquisa em bases de dados (PDB) utilizando o programa Chimera.
Visualização, análise e manipulação de estruturas tri-dimensionais
Exercícios
A. Mioglobina
1- Pesquisar no PDB uma estrutura da mioglobina e extrair as coordenadas para o
computador de trabalho. Diga qual o código PDB que escolheu.
2- Crie um modelo de Cα da mioglobina. Identificar os aminoácidos do C- e do N
terminal.
3- Criar um outro modelo da mioglobina contendo agora, para além de todos os Cα,
o grupo hemo e todos os resíduos de His. Identificar a His que interactua com o
átomo de Fe do hemo.
4- Medir a distância do Fe ao átomo mais próximo da His. Analisar a vizinhança e
as pontes de hidrogénio em torno de uma molécula de água situada próximo do
hemo.
1 B. Hemoglobina - alterações estruturais associadas à ligação do dioxigénio e
mecanismo alostérico
1- Pesquisar no PDB estruturas da oxi-hemoglobina e da desoxi-hemoglobina e
extrair as coordenadas para o computador de trabalho. Diga quais os códigos PDB
que escolheu.
2- Crie um modelo de Cα da ambas as estruturas e represente o grupo hemo e os
respectivos ligandos .
3- Calcular a distância entre o átomo de Fe e os dois átomos de azoto da His axial
para ambas as formas oxi-Hb e desoxi-Hb e para as subunidades α e β.
Comparar os valores encontrados para as formas oxi-Hb e desoxi-Hb e comenta
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