Uso da tecnologia de ultrassom nas avaliações genéticas de carcaça

Uso da tecnologia de ultrassom nas
avaliações genéticas de carcaça.
Evolução até a era da genômica.
Marcos Jun Iti Yokoo
Genética e Melhoramento Animal
Embrapa Pecuária Sul, Bagé-RS
Setembro de 2015
Introdução:
 A carne bovina brasileira é exportada a preços baixos ... Isto se
deve a falta de qualidade (padronização) e problemas
sanitários ...
 Sabe-se pouco sobre a qualidade potencial da carne
brasileira, e da variabilidade genética dentro das raças
utilizadas ...
 Os preços recebidos no abate (Brasil) são determinados pelo
peso da carcaça e o grau de acabamento (gordura subcutânea
ou de cobertura) ...
 Os frigoríficos pagam mais por carcaças com pelo menos um
mínimo de gordura de cobertura, a qual varia entre 3 e 6
mm, ou mais (dependendo...) ...
 Isto corresponde a uma carcaça com aproximadamente 20 a
24% de gordura ...
2
Percepção do Mercado Consumidor:
3
Exigências dos consumidores :
 Segurança alimentar
Ex.: rastreamento, sanidade
(HACCP) ...
 Consistência na qualidade desejada
Ex.: Melhoramento para características
da carne, por meio da carcaça
4
Pontos Críticos para Controle
Concepção
Genética/Produção
Nutrição/Ambiente
Fatores pré-abate
Fatores pós-abate
Resfriamento
Processamento/valor agregado
Método culinário
Consumidor
5
• Como melhorar as características
organolépticas da carne ?
?
Melhoramento das características da
carcaça, visando o produto final, a carne !!!!
6
Qualidade da carcaça
Benefício:
Rendimento (Ex.: AOL)
 Frigorífico (MUITO)
 Criador/Produtor (Moderado)
– Proporção de carcaça no corpo
 Consumidor (pouco)
• peso vivo - pés - cabeça - pele – víscera
– Proporção de carne magra na carcaça
Qualidade da carne (Ex.: Gordura)
– Características sanitárias
– Características organolépticas
Sabor
Cor
Maciez
PH
Suculência Marmoreio
Benefício:
 Frigorífico (MUITO)
 Criador/Produtor (Moderado)
 Consumidor (MUITO)
7
Qualidade da carne
•
•
•
•
Coloração
Maciez
Sabor
Suculência
 Tecido conjuntivo
 Degradação miofobrilar
 Encurtamento do
sarcômero
Taxa de resfriamento
Gordura de cobertura
8
Exemplo:
Sistema de tipificação EUA (USDA)
• Os preços recebidos ao abate nos Estados Unidos são
determinados pelos graus de rendimento e qualidade
(Yield e Quality Grades)
• O Yield grade piora à medida que o animal engorda
mais
• O Quality grade melhora à que o animal “engorda”
mais
• O conteúdo ideal de gordura está entre 28 to
32%, mas isto depende da distribuição da gordura no
corpo do animal
9
Yield Grade = 2.5 + ( 2.50 x EG) + ( 0.20 x % KPH)
+ ( 0.0038 x PCQ) – ( 0.32 x AOL)
10
Rendimento de carne com relação à
gordura externa
Fonte: Boggs e Merkel, 1993
11
Taste fat vs waste fat
(gordura de sabor vs gordura de desperdício)
• O Yield Grade é uma função da porção comestivel da
carcaça, a qual aumenta (PIORA) com o acúmulo de gordura
nos depósitos extra-musculares:
– subcutânea
– inter-muscular
– interna/visceral
• O Quality Grade é uma função do marmoreio, isto é, da
gordura intramuscular – esta confere sabor e suculência à
carne, a qual aumenta (MELHORA) com a maior % …
Conteúdo visceral: de 8 a 18% do peso vivo, sendo que o conteúdo
ideal de gordura está entre 28 to 32% (EG, IM e etc….).
12
Outro fator sobre a gordura
Crescimento dos depósitos de gordura
13
Tipificação – rendimento
(USDA)
•
•
•
•
•
•
Peso
Área do olho do lombo
Gordura externa (subcutânea dorsal)
Gordura interna (rins, coração e região pélvica)
Conformação
Coloração e textura da carne
Gordura intramuscular
Qualidade
(USDA)
14
Fatia do bife da 12a costela
Para mensurar % de gordura intramuscular
Gordura externa é removida
Uma fatia é liofilizada e moída
Varias sub-amostras são analisadas
(lipídeos totais)
Calculo de % de lipídeos no músculo
como medida final
Entre outras técnicas para predição da
%
gordura
intramuscular
(escores, Fourier, hh e etc ....
15
Melhoramento Genético da Carcaça
(MUSCULOSIDADE - RENDIMENTO)
Crescimento Alométrico
Ímpeto de crescimento dos músculos
Coef. de cresc. = 0,91
Alto ímpeto de cresc. = 7,29 (coxão
duro e picanha)
Coef. de cresc. = 1,04
Alto ímpeto de cresc. = 6,55
(Músculo grande comp. com o peso total da carcaça,
alta relação com o peso da carcaça)
Coef. de cresc. = 0,91
Alto ímpeto de cresc. = 3,82
Biceps
femoris
Longissimus dorsi
Gluteus
medius
16
É impossível
melhorar ou
avaliar aquilo
que não se
mede !!!
Autor desconhecido
17
Ultrassom
Histórico
 Dr. James Stouffer
Cornell University
Foi um dos pioneiros
na ultilização da
ultrassonografia em
animais durante a
década de 50.
18
Os desafios...
A tecnologia para medir as características da carcaça era
bem mais complexa do que as medidas de peso
O relacionamento genético entre as medidas de
composição da carcaça era desconhecido
Sem uma medida de marmoreio, a tecnologia não seria
amplamente adotada
Qual a possível acurácia (estimativas de h2)?
19
Regulamentação da Ultrassonografia
para Avaliação de Carcaça
• Jan-1989 – 1ª Certificação na Texas A&M (BIF – AOL e EG)
• 1990 – BIF aceitava várias instituições para credenciamento
• 1992 – Trabalho de IM .....
20
Um Marco Histórico...
“Principles of Ultrasound and
Measurement of Intramuscular Fat”
J. Anim. Sci., 1992, 70:942-952
A. D. Whittaker, B. Park, B. R. Thane, R. K.
Miller, and J. W. Savellt
Sem a característica de
gordura intramuscular, esta
tecnologia não iria se
expandir .....
21
Outros trabalhos importantes ...
TURNER, J.W.; PELTON, L.S.; CROSS, H.R. Using live animal ultrasound measures of ribeye
area and fat thickness in yearling Hereford bulls. Journal of Animal Science, v. 68, p.3502.
1990.
WILSON, D.E. Application of ultrasound for genetic improvement. Journal of Animal
Science, v. 70, p. 973-983, 1992.
PERKINS, T.L.; GREEN, R.D.; HAMLIN, K.E. Evaluation of ultrasonic estimates of carcass fat
thickness and longissimus muscle area in beef cattle. Journal of Animal
Science, v.70, p.1002-1010, 1992a. Aplicações no melhoramento
PERKINS, T.L.; GREEN, R.D.; HAMLIN, K.E.; SHEPARD, H.H.; MILLER, M.F. Ultrasonic
prediction of carcass merit in beef cattle: evaluation of technician effects on ultrasonic
estimates of carcass fat thickness and longissimus muscle area. Journal of Animal
Science, v.70, p.2758-2765, 1992b.
Composição de carcaça
Houghton, P. L., and L. M. Turlington. 1992. Application of ultra- sound for feeding and
finishing animals: A review. J. Anim. Sci. 70:930–941. Composição de carcaça e teste de progênie
SHEPARD, H.H.; GREEN, R.D.; GOLDEN, B.L.; HAMLIN, K.E.; PERKINS, T.L.; DILES, J.B.
Genetic parameter estimates of live animal ultrasonic measures of retail yield indicators
in yearling breeding cattle. Journal of Animal Science, v.74, p.761-768, 1996.
Outras características no melhoramento
22
Correlações entre Ultrassom e carcaça ....
Estimativas de correlações genéticas das principais características da carcaça quando medidas
diretamente na carcaça e por meio da ultra-sonografia
FONTE
AOL
EG
Stouffer et al. (1989)
0,76
0,86
Perkins et al. (1992a)
0,60
0,75
Perkins et al. (1992b)
0,82
0,86
Waldner et al. (1992)
0,73
0,86
Moser et al. (1998)
0,66
0,69
May et al. (2000)
0,61
0,81
Ritchie (2001)
0,75
0,71
Bertrand (2002)
0,89
0,69
Greiner et al. (2003)
0,86
0,89
AOL = Área de olho de lombo; EG = Espessura de gordura subcutânea entre a 12ª e a 13ª costelas ;
23
Herdabilidades
2
Estimativas de herdabilidade ( ĥ ) segundo vário autores, estimadas em diferentes modelos pelo método
da máxima verossimilhança restrita.
AUTORES
CARACTERÍSTICAS
AOL
EG
EGP8
GRUPO
GENÉTICO
MODELO
ARNOLD et al. (1991)
0,25
0,26
-
Hereford
Touro
JOHNSON et al. (1993)
0,39
0,11
-
Brangus
Animal
ROBINSON et al. (1993)
0,21
0,30
0,37
Angus & Hereford
Animal
SHEPARD et al. (1996)
0,11
0,56
-
Angus
T- AM
MOSER et al. (1998)
0,29
0,11
-
Brangus
Animal
FIGUEIREDO et al. (2000)
0,20
0,04
-
Nelore
Animal
Angus & Hereford
Animal
REVERTER et al. (2000)
0,38-0,42
0,51-0,18 0,55-0,31
CREWS & KEMP (2001)
0,54
0,46
-
“Composto Europeu”
Animal
DEVITT & WILTON (2001)
0,45
0,41
-
“Várias Raças”
Animal
WILSON et al. (2001 a)
0,40
0,56
0,48
Angus
T- AM
WILSON et al. (2001 b)
0,34
0,37
0,36
Angus
T- AM
KEMP et al. (2002)
0,29
0,39
-
Angus
Animal
STELZLENI et al. (2002)
0,31
0,26
-
Brangus
Animal
CREWS et al. (2003)
0,37-0,51
0,53-0,69
-
Simental
Animal
ARAUJO et al. (2004)
0,29
0,44
0,62
Nelore
Animal
“Composto Europeu” = Animais filhos de cruzamentos entre mais de três raças européias (Bos taurus);
T-AM = modelo touro avô-materno; “Várias Raças” = Estimativa de herdabilidade das medidas de
carcaça em touros puros de diversas raças européias (Bos taurus);
24
Regulamentação da Ultrassonografia
para Avaliação de Carcaça
• Jan-1989 – 1ª Certificação na Texas A&M (BIF – AOL e EG)
• 1990 – BIF aceitava várias instituições para credenciamento
• 1992 – Trabalho de IM .....
• 1996 – BIF 1ª certificação para IM. (BIF-outras instit. para certificar)
• 1998 – outro marco ....
25
Validação do Modelo pela Iowa
State University (ISU) em 1998
1998 – Quando acontece o próximo Marco Histórico
A American Angus Association acertou com a ISU um programa
de pesquisa de 2 anos:
 Coletar dados de ultrassom em nível de campo,usando técnicos
selecionados;
 Desenvolver fatores de ajuste;
 Estimar componentes de covariância genética;
 Desenvolver o conceito do processamento centralizado do
ultrassom;
26
Impacto da Implementação do ultrassom ...
Status de Implementação
Touros
Avaliados
até aaté
Primavera
de 2003:
(Touros
Avaliados)
a Primavera
de 2003
Car caca (3.407)
Ultr a-som (9.629)
2000
1800
1600
1400
1200
Numer o de
1000
tour os
800
600
400
200
0
1979 1981 1983 1985 1987 1989 1991 1994 1996 1998
Ano de nascimento
27
• 1974 – 2001
https://www.angus.org/Nce/Averages.aspx (31/08/15)
40.000 carcaças
avaliadas diretamente
• 1998 – 2001
150.000 animais
avaliados
por ultrassom (téc.
Credenciados)
• 2011
1.269.264 animais
(Ultrassom)
2013
1.388.522 animais
(Ultrassom)
•
• 2014
1.486.207animais
(Ultrassom)
Fonte: John Crouch, AAA – 2002.
2015
1.690.718
Animais por
(Ultrassom)
DEPs (Ultrassom) = 2.736.033
Marbling score = 106.684
Peso ao desmame = 7.923.727
28
O foco da Iowa State University (ISU)
- Concentrar em tecnologias para a predição da %
de gordura intramuscular (marmoreio), por meio
das imagens de ultrassom ...
- Retirar a subjetividade de um escore visual, com
relação ao marmoreio ...
29
Análise
dedaImagem
Análise
imagem%daGIM
%
Gordura intramuscular
1.9 % Standard
4.1 % Low Choice
6.5 % Ave. Choice
12.0 % Prime
30
O foco da Iowa State University (ISU)
Seis Anos de Solidão (1992-1998)
A ISU se manteve ocupada:
•
•
•
•
Treinando técnicos
Coordenando Programas de Certificação
Escutando os céticos – defendendo a tecnologia
Refinando a tecnologia
31
bined analysis appropriately weights information
m these sources and provides breeders estimates of
9, 2015
etic merit consistent with Published
traitsFebruary
in their
breeding
ctives on which to base selection decisions.
Carcaça de novilhos vs Ultrassom
N ational cattle evaluation system for combined analysis of car cass
char acter istics and indicator tr aits r ecor ded
by using ultr asound in Angus cattle 1
etic parameter, ultrasound
M . D . M acN eil* 2 and S. L . N or thcutt†
J. Anim. Sci. 2008. 86:2518–2524
doi:10.2527/jas.2008-0901
*USDA, Agricultural Research Service, Miles City, MT 59301; and †American Angus Association,
Saint Joseph, MO 64506
ABST RACT : The objectives were to 1) evaluate genetic relationships of sex-specific indicators of carcass
merit obtained by using ultrasound with carcass traits
of steers; 2) estimate genetic parameters needed to
implement combined analyses of carcass and indicator
traits to produce unified national cattle evaluations for
LM area, subcutaneous fat depth (SQF), and marbling
(MRB), with the ultimate goal of publishing only EPD
for the carcass traits; and 3) compare resulting evaluations with previous ones. Four data sets were extracted
from the records of the American Angus Association
from 33,857 bulls, 33,737 heifers, and 1,805 steers that
had measures of intramuscular fat content (IMF), LM
respectively. Genetic correlations of carcass measures
from steers with ultrasonic measures from bulls and
heifers indicated sex-specific relationships for IMF
(0.66 ± 0.05 vs. 0.52 ± 0.06) and uLMA (0.63 ± 0.06 vs.
0.78 ± 0.05), but not for BW at scanning (0.46 ± 0.07
vs. 0.40 ± 0.07) or SQF (0.53 ± 0.06 vs. 0.55 ± 0.06). For
each trait, estimates of genetic correlations between
bulls and heifers measured by using ultrasound were
greater than 0.8. Prototype national cattle evaluations
were conducted by using the estimated genetic parameters, resulting in some reranking of sires relative to
previous analyses. Rank correlations of high-impact
32
sires were 0.91 and 0.84 for the joint analysis of MRB
Novilhos
/ Fêmeas
Touros
reeding stock based
on carcass
merit. /Since
1974,
American Angus Association (AAA) has collected
a for genetic evaluation of carcass traits (Wilson
al., 1993). More recently, similar data have been
ected from yearling bulls and heifers by using ulound (Crews and Kemp, 2001). To date, the AAA
conducted separate genetic evaluations by using
Regulamentação da Ultrassonografia
para Avaliação de Carcaça
• Jan-1989 – 1ª Certificação na Texas A&M (BIF – AOL e EG)
• 1990 – BIF aceitava várias instituições para credenciamento
• 1992 – Trabalho de IM .....
• 1996 – BIF 1ª certificação para IM. (BIF-outras instit. para certificar)
• 1998 – outro marco ....
• 1998 – 2000 – ISU e AAA (Projeto p/ centralizar e certificar) e os técnicos
precisam certificar p/ todas as características
• 1998 – 2000 - AUP – Animal Ultrasound Practitioners Association (Grupo)
(Técnico interpreta sua própria imagem
(Técnico era credenciado para específicas características/imagens)
33
Regulamentação da Ultrassonografia
para Avaliação de Carcaça
• 2001 – 2002 – ISU faz as certificações seguindo as regras da APTC (Comitê)
e 2001 APTC é estabelecida pelos conselhos das associações das raças
e 2001 ISU fica privada – CUP; Em 2001 a ISU começa a ser resp. pela certificação
(APTC-comitê);
• APTC – Animal Practiced Technician (2001 - 2002) - Comitê
• UGC – Ultrasound Guidelines Council (2003) – Troca de nome
34
http://www.ultrasoundbeef.com
35
US Breed Associations
Associação Americana de Raças
Angus
Hereford
Simmental
Charolais
Red Angus
Gelbvieh
Limousin
Chianina
Maine Anjou
Shorthorn
Saler
Beefmaster
Brangus
Santa Gertrudis
.
.
Etc.
US Beef
Breeds
Council
Conselho
Americano
de Raças de
Corte
Ultrasound
Guidelines
Council
Conselho
Regulamentador de
Ultrassonografia
36
Coleta de dados de qualidade (consistente)
Atubra (“UGC do Brasil”)
Objetivo: padronizar a coleta de dados de
ultrassom (UGC).
No intuito de promover a técnica do ultrassom
em programas de melhoramento genético no Brasil e
um grupo de técnicos que vem trabalhando a um bom
tempo com ultrassom, se reuniram com a ABCZ em
2010 para discutir e fundar a Atubra, com o apoio da
UGC.
2011 – 1ª Certificação pela Atubra/UGC
37
No Brasil …
(Informação de agosto de 2005)
10.518 (IM) 2,48
86.856
38
a) NELORE, atualização para edição de junho de 2015
AOL = 29.627 (na base), 17.663 (avaliados);
EGS = 29.636 (na base), 13.727 (avaliados);
MAR = 20.342 (na base), 8.309 (avaliados).
b) SENEPOL, atualização para edição de abril de 2015
AOL = 1.729 (na base), 1.139 (válidas);
EGS = 1.729 (na base), 1.139 (válidas);
MAR = 1.183 (na base), 746 (válidas).
39
Dados no PampaPlus
Nº de Animais Informados para Avaliação/ano
Nº Anim. Desmame
Nº Anim. Sobreano
16000
14136
14000
12000
9930
1095011343
9603
10000
8000
6000
4000
2000
0
4345
5624
10367
6775 6719
6144
6889
1880
5641
2009 2010
2011 2012
2013 2014
2015
2015 = 863 Animais avaliados por (Ultrassom)
Total de 124.159 animais avaliados (Julho de 2015)
Fazendas Participantes por Ano
44
39
39
41
2012
2013
41
36
26
2009
2010
2011
2014
2015
40
Outras raças no Brasil
Angus 2011 - 2015 = 8.625 Animais
avaliados por (Ultrassom); (Programa de
fomento)
Montana 2011 – 2015 = 8.733 Animais
avaliados por (Ultrassom);
41
Seleção assistida por
Marcadores Moleculares (SAM)
Os marcadores moleculares
associados a genes que afetam
características
de
interesse
econômico podem ser utilizados
como ferramenta no melhoramento
genético animal.
42
Marcadores Moleculares
• Poucos resultados
– Poucos QTLs foram detectados
•Resultados incongruentes na literatura
•Métodos estatísticos são rigorosos
– Custo alto para cada genótipo
– Difícil aplicação dos resultados no melhoramento.
•Só QTLs com grandes efeitos
•Esgotamento rápido da variação
•Reduz rapidamente a vantagem do uso do QTL
•Efeito aditivo precisa ser incluído
43
Revolução Genômica
• Renova promessas de grande impulso para o
melhoramento genético animal em termos de
SAM.
• Proporcionada pelo:
Desenvolvimento do Mapeamento Genético (por meio
Genes candidatos - PCR-RFLP), o qual se descobriu os
SNPs (Polimorfismo de nucleotideos
simples), gerando painéis com milhares de
marcadores SNPs.
Estes painéis geraram essa nova possibilidade em
termos de SAM, a qual é denominada Seleção
44
Genômica (SG).
Era dos marcadores moleculares
Microssatélite / IM / Rend. Carcaça
QTL (EG e KPH = sem pleiotropia)
45
Era dos marcadores moleculares
Era genômica ...
* 114 SNPs;
* Acurácia (comparação US e DEPgenômica e
teste de progênie);
* 20% melhor (h2 e correlações);
46
Era dos marcadores moleculares
Era genômica ...
Pleiotropia / SNPs
47
Era dos marcadores moleculares
Boerner et al. GeneticsSelection Evolution 2014, 46:61
http://www.gsejournal.org/content/46/1/61
RESEARCH
Ge n e t i c s
Se l e ct i o n
Ev o l u t i o n
Era genômica (acurácia) ...Open Access
Accuracies of genomically estimated breeding
values from pure-breed and across-breed
predictions in Australian beef cattle
Vinzent Boerner* , David JJohnston and Bruce Tier
Boerner et al. GeneticsSelection Evolution 2014, 46:61
http://www.gsejournal.org/content/46/1/61
Aumenta, mas não tanto como no gado de leite
Abstract
Background: The major obstaclesfor the implementation of genomic selection in Australian beef cattle are the
variety of breedsand in general, small numbersof genotyped and phenotyped individualsper breed. The Australian
Beef Cooperative Research Center (Beef CRC) investigated these issues by deriving genomic prediction equations(PE)
from a training set of animalsthat coversa range of breedsand crossesincluding Angus, Murray Grey, Shorthorn,
Hereford, Brahman, Belmont Red, Santa Gertrudisand Tropical Composite. Thispaper presentsaccuraciesof
genomically estimated breeding values(GEBV) that were calculated from these PEin the commercial pure-breed beef
cattle seed stock sector.
Methods: PEderived by the Beef CRCfrom multi-breed and pure-breed training populationswere applied to
genotyped Angus, Limousin and Brahman siresand young animals, but with no pure-breed Limousin in the training
population. The accuracy of the resulting GEBVwasassessed by their genetic correlation to their phenotypic target
trait in a bi-variate REML approach that models GEBVastrait observations.
Results: Accuracies of most GEBVfor Angusand Brahman were between 0.1 and 0.4, with accuraciesfor abattoir
carcasstraitsgenerally greater than for live animal body composition traitsand reproduction traits. Estimated
accuraciesgreater than 0.5 were only observed for Brahman abattoir carcass traitsand for Anguscarcass rib fat.
Averaged acrosstraitswithin breeds, accuraciesof GEBVwere highest when PEfrom the pooled across-breed training
population were used. However, for the Angusand Brahman breedsthe difference in accuracy from using pure-breed
PEwassmall. For the Limousin breed no reasonable resultscould be achieved for any trait.
Conclusion: Although accuracieswere generally low compared to published accuraciesestimated within breeds,
they are in line with those derived in other multi-breed populations. ThusPEdeveloped by the Beef CRCcan
contribute to the implementation of genomic selection in Australian beef cattle breeding.
RESEARCH
Equações de predição (accurácia)
Accuraciesof genomic
48
Era dos marcadores moleculares
Era genômica (acurácia) ...
49
Era dos marcadores moleculares
Era genômica (acurácia) ...
50
based on their diagonal element of A
h selecting 15% of the animals at ranEra dos marcadores moleculares
se of a real beef cattle pedigree, selection
or males and females yielded similar rePublished February
9, 2015
Era genômica
...
selection methods were
superior
to(custo)
ranD iffer ent methods of selecting animals for genotyping to maximize
the amount of genetic infor mation k nown in the population
election,M simulation
. L . Spangler ,* R. L . Sapp,†
1
2
J. K. Ber tr and,* M . D . M acN eil,† and R. Rek aya* ‡§ 3
*Animal and Dairy Science Department, University of Georgia, Athens 30602-2771;
†USDA-ARS, Fort Keogh Livestock and Range Research Laboratory, Miles City, MT 59301;
‡Department of Statistics, and §Institute of Bioinformatics, University of Georgia, Athens 30602-2771
J. Anim. Sci. 2008. 86:2471–2479
doi:10.2527/jas.2007-0492
other methods
presented
concentrated on the selection
Genotipar 5% dos animais
mais
utilizados
of 5% of the animals for genotyping. The methods were
evaluated based on the percentage of alleles correctly
(Diagonal
dafor
A-1)
mals in a population would
be needed
assigned
after peeling (AK ), the probability of assignABST RACT : It is possible to predict genotypes of some
individuals based on genotypes of relatives. Different
methods of sampling individuals to be genotyped from
populations were evaluated using simulation. Simulated pedigrees included 5,000 animals and were assigned genotypes based on assumed allelic frequencies
for a SNP (favorable/unfavorable) of 0.3/0.7, 0.5/0.5,
and 0.8/0.2. A field data pedigree (29,101 animals) and
a research pedigree (8,688 animals) were used to test
selected methods using simulated genotypes with allelic frequencies of 0.3/0.7 and 0.5/0.5. For the simulated pedigrees, known and unknown allelic frequencies
were assumed. The methods used included random
sampling, selection of males, and selection of both sex-
hich would decrease the time and cost of
heoretically, the problem at hand is simit were possible to evaluate every subset
ual to the desired size, then the optimal
be found. However, this is computation-
P
ing true alleles (AKG), and the average probability of
correctly assigning the true genotype. As expected,
random sampling was the least desirable method. The
most desirable method in the simulated pedigrees was
selecting both males and females based on their diagonal element of A−1. Increases in AKP and AKG ranged
from 26.58 to 29.11% and 2.76 to 6.08%, respectively,
when males and females (equal to 5% of all animals)
were selected based on their diagonal element of A−1
compared with selecting 15% of the animals at ran-
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