Informações

PGF5216
SIMULAÇÃO COMPUTACIONAL DE LÍQUIDOS MOLECULARES
2o Semestre 2011- Período Diurno
1) Professora: Kaline Coutinho
Área de Pesquisa: Física Molecular e Modelagem, Grupo Biofísica
(http://fig.if.usp.br/~kaline/)
Sala 219, Edifício Ala 1 do IF, térreo, ramal: 6745. Email: [email protected]
2) Atividades Discentes: Início: 08/08/2011.Término: 18/11/2011. Total de 12 semanas
3) Número de Créditos: 12
4) Horário e local: Terças e sextas das 10:00h as 11:40h na sala 206 da Ala Central
5) Programa:
 Propriedades de líquidos.
 Modelos para o potencial de interação intra e intermolecular.
 Mecânica estatística de líquidos.
 Método de Dinâmica Molecular.
 Método Monte Carlo.
 Algoritmos eficientes: otimização de operações importantes, lista de vizinhos,
configurações iniciais, entre outros.
 Análise de resultados: propriedades termodinâmicas, propriedades estruturais, erros,
correções de resultados, entre outras.
 Técnicas avançadas: cálculo de energia livre, amostragem preferencial, Monte Carlo
dirigido por forças, entre outras.
 Aplicação de simulações computacionais em sistemas modelo e realistas.
6) Objetivos:
Nesta disciplina serão apresentadas as técnicas tradicionais de simulação de
sistemas moleculares (Dinâmica Molecular e Monte Carlo), os conceitos fundamentais
de mecânica estatística, os algoritmos eficientes, técnicas avançadas de simulação e
procedimentos de análise de resultados. Adicionalmente, serão desenvolvidos e/ou
manuseados programas, DICE e GROMACS, para a realização de aplicações práticas.
7) Bibliografia:
* Computer Simulation of Liquids, M.P. Allen and D.J. Tildesley.
* Essestial of Computational Chemistry. Theories and Models, C.J. Cramer
* Quantum Chemistry and Statistical Theory of Solutions. A Computationaal Approach,
B.Y. Simkin and I.I. Sheikhet
* The Liquid State, D.M. Heyes
* An Introduction to the Liquid State, P.A. Egelstaff
* Understanding Molecular Simulation. From Algorithms to Applications, D. Frenkel and
B. Smit
Avaliação: Trabalho escrito e seminário (TS).
Ao longo da disciplina cada aluno deve desenvolver um trabalho de simulação de
líquidos, soluções ou interfaces moleculares, utilizando o método Monte Carlo com o
programa DICE e dinâmica molecular com o programa GROMACS. Esse trabalho
escrito, no formato de artigo científico, deve ser entregue até dia 02/12/2011 e a
apresentação do seminário de 20 min será agendado em um dos dias 06, 09 e
13/12/2011.
7) Datas que não haverá aula: 16/08 (Viagem); 05 a 10/09 (Semana da Pátria); 18/10
(Viagem); 25 e 28/10 (Viagem); 15/11 (República).