ANÚNCIO PARA ATRIBUIÇÃO DE BOLSA DE

ANÚNCIO PARA ATRIBUIÇÃO DE BOLSA DE INVESTIGAÇÃO - LICENCIADO (BI-L)
Encontra-se aberto concurso para a atribuição de uma Bolsa de Investigação - Licenciado (BI-L) no âmbito
do projecto (instituição de I&D), Genetic heterogeneity in colorectal carcinoma (Ipatimup), nas seguintes
condições:
Área Científica: Ciências da Saúde/Ciências Biomédicas
Requisitos de admissão: Licenciados ou Mestres em Bioquímica, Biologia, Medicina, Medicina Veterinária,
Ciências Farmacêuticas ou outras áreas das Ciências da Saúde. Experiência laboratorial em bioinformática,
sequenciação de nova geração, PCR digital e Real-Time PCR será valorizada.
Média mínima licenciatura: igual ou superior a 16 valores.
Plano de trabalhos: The recent cancer genome studies have led to the identification of many cancer
associated genes revealing extensive heterogeneity between tumors. Additionally, only 30%-35% of
somatic mutations were concordant across multiple primary and metastatic sites sampled. This list of
significantly cancer-associated genes includes many implausible genes (such as those encoding olfactory
receptors), suggesting false positive findings that overshadow true driver events. Many false positives may
arise from sequencing errors and inaccurate alignment of reads to the human genome. In parallel, false
negatives may arise from admixture of noncancer cells (tumor purity), copy number variations inherent in
cancer genomes (ploidy), and the presence of variant subclones within the cancer cell population
(heterogeneity). This highlights the importance of careful selection and thorough characterization of the
biological specimens in study.
Colorectal cancer due to its well characterized model of transition from normal colonic epithelium to
adenoma and then to adenocarcinoma may be instrumental to elucidate the level of genetic heterogeneity.
This sequential model of development and progression is the result of mutations in key genes (APC, KRAS
and TP53) that accumulate in a consecutive manner.
The goal to be addressed in this project is to elucidate the level of genetic heterogeneity of primary tumors
and corresponding lymph node and distant metastasis, using the CRC model. This will be done by evaluate
the extent of heterogeneity, compare different samples of the same cancer (primary and metastasis), and
make deductions on genetic evolution of tumor cells, in a context of well controlled material. This control
will be achieved through morphological evaluation by pathologist and through molecular definition of the
initiating mutation (APC or β-catenin). A cohort of 30 CRC patients will be selected from a retrospective
analysis of surgical specimens for which at least one sample of the primary tumor, one metastatic lymph
node and one liver metastasis are available. Initially, alterations in the key genes APC, KRAS and β-catenin
will be screened. Under the assumption that an APC mutations will be present in 100% of tumor cells this
will provide a broad assessment of heterogeneity in the different samples and will be used to define a set
of samples to further study. The next step will determine the level of variations in the samples by deep
sequencing using a specific gene enrichment panel of genetic alterations. This will involve a single tube
multiplex PCR amplification designed to detect 739 mutations from 46 oncogenes and tumor suppressor
genes and the resulting amplicons sequenced using the Ion Torrent PGM sequencer.
Legislação e regulamentação aplicável: Estatuto do Bolseiro de Investigação Científica, na sua actual
redacção; Regulamento de Bolsas de Investigação da Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.—2013;
Regulamento de Bolsas de Investigação do Ipatimup.
Local de trabalho: O trabalho será desenvolvido no Ipatimup (grupo Genetic Dynamics of Cancer Cells), sob
a orientação científica do Professor Doutor José Carlos Machado.
Duração da bolsa: A bolsa terá a duração de 6 meses, com início previsto em Junho de 2014. O contrato de
bolsa poderá ser renovado por mais 6 meses.
Valor do subsídio de manutenção mensal: O montante da bolsa corresponde a €745, conforme tabela de
valores
das
bolsas
atribuídas
directamente
pela
FCT,
I.P.
no
País
(http://alfa.fct.mctes.pt/apoios/bolsas/valores).
Métodos de seleção: A seleção será efetuada por avaliação curricular.
Composição do Júri de Selecção: José Carlos Machado (Presidente), José Luís Costa (vogal efetivo), Cecília
Durães (vogal efetivo), Fátima Carneiro (vogal suplente), Paulo Canedo (vogal suplente).
Forma de publicitação/notificação dos resultados: Os resultados finais da avaliação serão publicitados,
através de lista ordenada por nota final obtida, disponível para consulta no website do Ipatimup, sendo o
candidato(a) aprovado(a) notificado através de email.
Prazo de candidatura e forma de apresentação das candidaturas: O concurso encontra-se aberto no
período de 19 de Maio a 28 de Maio de 2014.
As candidaturas devem ser formalizadas, obrigatoriamente, através do envio de carta de candidatura
acompanhada dos seguintes documentos: Curriculum Vitae e certificado de habilitações.
As candidaturas deverão ser enviadas por correio electrónico para [email protected]